Seit dem Schuljahr 2007/2008 gibt es an der Montessori-Schule Würzburg eine Fachoberschule mit den Zweigen Gestaltung, Sozialwesen sowie Wirtschaft, Verwaltung und Rechtspflege.

Die Montessori-Fachoberschule bereitet auf die Berufswelt u.a. durch die fachpraktische Ausbildung und Lehrende aus der Praxis vor. Gleichzeitig werden die SchülerInnen auch auf ein Studium vorbereitet, weil die Selbstständigkeit gefördert und weiter ausgebaut wird. Dem durchgängigen Konzept der Montessori-Pädagogik entspricht der Wert, der der Persönlichkeitsbildung beigemessen wird, und die partnerschaftliche Beziehung zwischen SchülerInnen und Lehrkräften. Ein besonderer Akzent liegt auf der europäischen Ausrichtung der Schule, z.B. durch Praktika im fremdsprachigen Ausland.

Die Montessori-Fachoberschule ist ein Angebot für gute AbsolventInnen des Mittleren Bildungsabschlusses. Nach dem erfolgreichen Ablegen der Fachabiturprüfung wird die Fachhochschulreife erworben. Anschließend kann an einer staatlichen FOS das allgemeine Abitur erworben werden.